故事发作在东京八丈岛远洋，这里建成了一座衔接了全球各地警方监控摄像的陆地设备“太平洋浮标”。在这座设备正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师分开现场。而与此同时，一项运用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在中止中…… 　　另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待上去到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，原告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”中止警备义务的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设备外部。之后，在为系统启动而稳步展开预备义务的设备内，发作了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 　　海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄然接近……